A qualidade do café pode ser comprometida durante a armazenagem pela absorção de odores de combustíveis, defensivos, fertilizantes e outros produtos, mesmo sem contato direto. Como o grão é higroscópico, ambientes fechados, úmidos e mal ventilados aumentam o risco de alterações no aroma e na bebida, reduzindo o valor comercial do lote. Para evitar contaminações, recomenda-se manter o café separado de produtos químicos, sobre paletes, em locais limpos, ventilados e com umidade controlada, além de organizar o fluxo de máquinas e veículos e garantir a limpeza de sacarias, silos e equipamentos. A identificação e rastreabilidade dos lotes também ajudam a detectar e corrigir possíveis problemas.
